本作副本分为主线副本和活动副本2大类。
主线副本：
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主线副本是游戏主线的触发和展示，同时也是队伍经验的最重要来源。在主线剧情中，玩家将深入了解立体城市的整个形势。玩家将肩负恢复立体城市和平的重要使命，寻找六君子，并与六君子一起，携手灵魂战士抗击扰乱立体城市和平的邪恶势力。
活动副本：
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活动副本为游戏主线副本外的拓展副本，更大程度的丰富玩家的游戏体验。活动副本目前分为4大类：
支线副本：主线剧情的补充，主要产出装备进化所需的材料；
日常挑战—藏宝库：不消耗体力，每日只可进入2次。藏宝库中产出包括卡牌，装备在内的丰富宝藏，探索藏宝库能给你带来巨大惊喜！
名将寻访：战斗中有几率遇到各类型灵魂战士，战胜他们，就有机会将他们招入麾下！
悬赏任务：六君子发布的悬赏任务，帮助消灭立体城中损害人民利益的魔物。完成悬赏任务可获得大量金币。
四大活动副本