在植物大战僵尸二里面，到了一定程度就可以参与挑战模式了挑战模式可以在僵尸身上获得植物碎片哦，植物碎片是一种富含各种维生素的东西，当然这种东西最好还是用来合成植物来对抗僵尸。
挑战模式中有巨人危机、邪恶入侵、暴走雪人，在挑战模式中可以选择难度，有简单模式、困难模式、和传奇模式难度越高挑战成功后的奖励越高，选择了难度之后就可以在许愿池选择你想要的植物啦。简单模式里面有西瓜、豌豆和坚果，西瓜可以对成群的僵尸造成伤害，豌豆就不用说了，大型的坚果可以更长时间的阻挡僵尸前进，困难模式里面有鳄梨、飞碟瓜、坚果和西瓜，鳄梨可以发射子弹也可以将自己发射出去，飞碟瓜能够发出光线来捕捉最近的僵尸。
开始游戏之后有一段时间用来布局，在这关不用种植向日葵，每关提供4000阳光，你有足够的时间部署，部署完毕后就可以点击开始战斗来和僵尸进行大战啦，在这一关会出现许多以前没有见过的僵尸，需要及时的反应稍有不备就会被吃掉脑子，真是太可怕了。